Schrodinger（薛定谔）是药物发现的完整软件包，它可以实现以下各种应用：
1. 高通量虚拟筛选：薛定谔软件的虚拟筛选功能提供一站式的设置界面，用户可以定义特定的性质，以便过滤掉不满足性质的化合物，在多CPU的集群上高速完成针对大规模化合物库的虚拟筛选工作；所需模块：Glide, LigPrep, QikProp, Epik, Sitemap, Liaision。
2. 精确对接：针对虚拟筛选后的富集化合物库或者用户自己特定的化合物库，利用薛定谔软件提供的精确对接模式可以考虑以下两种真实环境，进一步进行更精确地对接分析：1). 配体小分子对蛋白活性位点结构的诱导（Induced Fit），所需模块：Glide, Prime, Liaison, Sitemap, Epik, MacroModel, LigPrep, QikProp；2). 蛋白分子诱导配体分子电荷的极化（QPLD），所需模块：Glide, Liaison, Sitemap, Epik, MacroModel, Qsite, Ligprep, Jaguar, QikProp。
3. 药效团和3D-QSAR：薛定谔提供的药效团和3D-QSAR的解决方案，在没有受体信息的情况下，科研人员可以用活性配体的信息进行新药设计；所需模块：Phase, Confgen, Ligprep, MacroModel, Strike。
4. 全新药物设计（de novo design）：薛定谔软件提供的me-too和me-better药物设计解决方案，允许用户替换已知化合物的侧链或者母核。所需模块：CombiGlide, Glide, Ligprep, Qikprop。
5. 酶催化，金属酶研究（QM/MM方法）：薛定谔软件提供的QM/MM方法可以考虑蛋白活性位点的化学反应；所需模块：Qsite, Jaguar。
6. 生物分子结构模拟：可以精确模建蛋白、核酸、多糖结构；所需模块Prime, MacroModel。
7. ADME性质预测：应用于药理方面的研究；所需模块：QikProp。
8. 化学信息学分析：薛定谔软件的化学信息学解决方法提供二元指纹向量聚类分析，相似性分析，层次聚类方法，化学过滤方法，多样性分析，sphere exclusion diversity，字结构搜索，独特的SMILES产生法，多元线性回归，偏最小二乘回归，主成份分析，主成份回归分析，神经网络算法，朴素贝叶斯分析算法，自组织特征映射法等众多专业算法。所需模块：Canvas。
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